Église Santa Margherita in Trastevere, Renaissance parochiekerk in Trastevere, Rome, Italië.

De kerk Santa Margherita in Trastevere staat aan de piazza di Sant'Apollonia in de Romeinse wijk Trastevere. De gevel telt twee orden en wordt bekroond door een kruis met palmtakken; op de voorzijde staat de dubbele toewijding aan de heilige Margareta, maagd en martelares, en aan de heilige Emygdius, bisschop en martelaar. Binnen openen een enkel schip met tongewelf en een halfronde apsis zich naar drie zijkapellen.

De kerk werd in 1680 door Kardinaal Girolamo Gastaldi in opdracht gegeven en herbouwd door architect Carlo Fontana, waardoor de originele oriëntatie die tot 1288 dateert, werd gewijzigd. Deze transformatie weerspiegelde de vernieuwingsbewegingen van de Barokperiode die veel structuren in Rome hebben omgevormd.

Het altaarstuk van het hoogaltaar is Giacinto Brandi's "De heilige Margaretha overwint de demon", geschilderd in 1680-1683 voor de herbouwde kerk; de ovale zijstukken zijn van Giuseppe Ghezzi. In de linker kapel hangt Baciccio's "Onbevlekte Ontvangenis tussen de heilige Franciscus en de heilige Clara". De façade draagt een dubbele toewijding, aan de heilige Margaretha en aan de heilige Emygdius, bisschop en martelaar.

De kerk staat aan de piazza di Sant'Apollonia 13 in Trastevere, op korte loopafstand van de viale di Trastevere. Het aangrenzende klooster is verbouwd tot woningen, waardoor de kerkingang de enige toegang is. Tot 1996 celebreerde de Confraternita di Sant'Emidio hier; sinds 2 februari 1997 is een priester van het vicariaat van Rome met de kerk belast.

De kerk droeg ook de namen Santa Margherita della Scala en Santa Elisabetta; de zusters leefden er als bizzoche zonder slotgelofte, zoals blijkt uit de akten van een visitatie in Rome onder Alexander VII. De façade draagt een dubbele toewijding, aan de heilige Margareta en aan de heilige Emygdius, bisschop en martelaar.