Chartreuse de Lyon, Kartuizer klooster uit de 16e eeuw in het eerste district van Lyon, Frankrijk.

De Chartreuse de Lyon, ook chartreuse du Lys du Saint-Esprit genoemd, is een voormalig klooster van de kartuizers aan het bovenste uiteinde van de côte Saint-Vincent in het 1e arrondissement van Lyon. De kerk werd op 19 maart 1590 begonnen door architect Jean Magnan en in 1734 voltooid volgens plannen van Ferdinand-Sigismond Delamonce, maar de gevel dateert pas van 1870. De grote kloostergang begon in 1604, de kleine in 1620; tussen 1614 en 1685 werden vijfentwintig monnikscellen gebouwd.

Het klooster werd opgericht in 1584 en groeide uit tot een belangrijk religieus centrum in Lyon met een stabiele gemeenschap gedurende eeuwen. Na de Franse Revolutie eindigde in 1790 het monastieke leven en verloren de gebouwen hun oorspronkelijke bestemming.

De naam Notre-Dame-du-Lys-du-Saint-Esprit verwijst naar de lelie van het oorspronkelijke terrein La Giroflée en naar de Heilige Geest van de stichting in 1580. De kerk werd parochiekerk bij het Concordaat van 1801, en kardinaal Joseph Fesch kocht tussen 1808 en 1813 de overgebleven kloostergebouwen om er zijn residentie te vestigen. Vandaag huist op de site het Institution des Chartreux, beheerd door de Société des prêtres de Saint-Irénée.

Het voormalige klooster ligt aan het bovenste uiteinde van de côte Saint-Vincent, boven de vallei van de Saône, in het 1e arrondissement van Lyon. Het terrein wordt nu gebruikt door de Institution des Chartreux, een school, en is dus niet toegankelijk voor bezoekers; de kerk werd na het Concordaat van 1801 parochiekerk. De bewaarde gebouwen zijn vanaf de omliggende straten te zien.

De volledige Latijnse naam van het klooster, Domus Liliorum Sancti Spiritus (huis van de Lelies van de Heilige Geest), verwijst naar het terrein dat in 1584 van de erfgenamen van Étienne Mussio werd gekocht voor 3.800 écus en La Giroflée heette: een bloemnaam die in de Latijnse titel van het huis overging.